Hunat Hatun Külliyesi'nin yapılarından biri olan Hunat Hatun Türbesi (kümbeti), cami ile medrese arasında bulunan ve yapı grubuna sonradan eklenmiş olan bir yapıdır. Selçuklu Hükümdarı I. Alaaddin Keykubat’ın karısı Mahperi Hunat Hatun tarafından 1238 yılında yaptırılmıştır.
Hunat Hatun Türbesi klasik Selçuklu üslubunda yapılmış olup, Kayseri'nin en süslü ve gösterişli kümbetidir. Ancak konum olarak cami ile medrese arasında kaldığı ve caddeye bakan (batı) yüzü duvar ile kapandığından, dışarıdan sadece külahı görünmektedir.
Kümbetin bulunduğu avluya cami içerisinden ulaşılırken, kümbetin içine ise merdivenle medrese içinden ulaşılır. Dış cephesi üzerindeki taş süslemeleri ile Selçuklu sanatının doruk noktasını simgeleyen eserlerden biri olan kümbet, kare bir kaide üzerine oturtulmuş sekiz cepheli bir yapıdır. Üzerine oturduğu kare kaidenin ölçüleri 8.3X7.6 metredir. Kaide ile kümbetin oturduğu zemin arasında (kümbetin medrese ile bitişik cephesi hariç) doğu, batı ve güney cephelerine 5 sıra halindeki mukarnasla dışarı çıkma verilmiş ve bu şekilde kümbetin oturduğu alanın ölçüleri 9X9 metreye ulaşmıştır.
Hiçbir kümbette rastlanılmayan bu mukarnaslı bezemelerin ilk sırasında da örgü ikiz kazayakları, üst üç sırasında yapraklar ve en üst sırada ise kilit dizileri bulunur.
Türbenin her iki yüzünde bulunan sivri kemerlerin iç tarafları kesme taştan düz olarak bırakılmış ve buralara birer pencere açılmıştır. Türbenin sekiz kenarına da üzerleri bezemeli birer bitişik sütun yerleştirilmiştir.
Yapının köşelerinde sütunçeler vardır. Dış yüzeyler çift kemerli ve ayaklıdırlar. Kemerlerin yüzeyleri, köşelerdeki sütunçeler ve kemerlerin üst tarafında kalan üçgen boşlukların her biri ayrı ayrı geometrik motiflerle bezenmişlerdir. Yapının oturduğu zeminden 4.90 metre yukarıda kabartma sülüs yazılı bir kuşak kümbetin çevresini sarar. Bu sülüs yazı, Ayet’el Kürsi’dir. Bu kuşağın hemen üstünden yer alan mukarnas kuşak, sütunçelerle beraber tüm çevreyi dolaşmaktadır.
İçten mihrabın bulunduğu cephe ve girişin bulunduğu cephe hariç diğer tüm cephelerde ise kaideden 2.75 yükseklikte olan, ortadan sütunlu ve iki bölmeli pencereler bırakılmıştır. Bu pencereler içeriye doğru genişledikleri için içeriye yeterli ışığı sağlamaktadırlar. Pencerelerin üzerinde yer alan kemerler de bezemelidir.
Türbenin üstünü dıştan sekizgen bir piramit örtmektedir. Bu piramidin içeriden görünümü ise kubbe biçimindedir. İç cephede güney duvarını tamamıyla mirabiye kaplar ve bezemelidir.
Türbe içerisinde üç sanduka vardır. Türbe içindeki mihrabiyeye en yakın olan, Mahperi Hunat Hatun'un mermer bir lahit şeklindeki sandukasıdır. Ortadaki sandukanın Selçuk Hatun’a ait olduğu bilinmekte, girişe yakın olan sandukanın kime ait olduğu ise bilinmemektedir.
Hunat Hatun’un sandukası üzerindeki kitabede şu ifadeler yer almaktadır: "Bu kabir, Keykubat oğlu, dünya ve dinin koruyucusu merhum Sultan Gıyaseddin Keyhüsrev’in annesi, namuslu, saadetli, şehide, takva sahibi, ibadet ehli, dindar, mücadeleci, korunmuş, adalet sahibi, dünyada kadınların sultanı, iffetli, temiz, çağının Meryem’i, zamanının Hatice’si, maruf dost, binlerce mal sadaka veren, din ve dünyanın yüz akı, hanım hanımefendi Mahperi hatun’undur. Allah cümlesine Rahmet eylesin".
Selçuk Hatun’a ait olan sandukanın başındaki kitabede ise; şunlar yazılıdır: "Esirgeyen, bağışlayan Allah’ın adıyla bu kabrin sahibi Keykubat oğlu, şehit sultan Keyhüsrev’in 1284 yılında ölen kızı Selçuki Hatun’undur”.