Vezneciler’de, 16 Mart Şehitleri Caddesi’nde ve Bozdoğan su kemerlerine bitişiktir. Kiliseden çevrilme camilerdendir. Kalenderhane ismi Fatih döneminde verilmiş ve günümüze kadar bu isimle gelmiştir.
Bizans dönemindeki adı kesin olarak bilinmemekle birlikte, Akataliptos İsa’ya ithaf edildiği sanılmaktadır. Ancak bu isim konusunda da kesin bir bilgi bulunmamaktadır.
Bugünkü yapının aslı, Latin istilası sırasında Katolik İtalyanlara tahsis edilmiş bir XII. yüzyıl kilisesidir. Fetihten sonra Fatih Sultan Mehmed vakfı olarak zaviyeye çevrilerek Kalenderi tarikatına tahsis edilmiştir. XVIII. yüzyılın ilk yarısında Babüssaade Ağası Maktul Beşir Ağa tarafından camiye dönüştürülmüş ve bütünüyle onarılmıştır. Aynı zamanda hünkâr mahfili de ekleyen Beşir Ağa’nın bu onarımı ile ilgili bir kitabesi bulunmaktadır.
Duvarları taş ve tuğla karışımı olan caminin bir büyük ve bir küçük olmak üzere iki kubbesi vardır. Köşeleri kum saatli olan mihrabı oldukça güzel bir eserdir. Minber ampir üslupta olup, ahşaptandır. İç duvarlarında renkli mermer kaplamalar ve kabartma halinde friz süslemeler bulunmaktadır.
XIX. yüzyılda büyük bir yangın geçiren cami, 1854’de onarılmıştır. Minaresi 1930 yılında yıldırım düşerek yıkılmıştır. Bu tarihlerden sonra terkedilmiş, 1966-1975 yılları arasında Harvard Üniversitesi ile İstanbul Teknik Üniversitesi işbirliği ile yapılan bir araştırma ve kazıya konu olmuş, 1968 yılında restore edilerek tekrar ibadete açılmıştır.