Mimarisi, ihtişamı, büyüklüğü ve işlevselliği yönünden ilk ve son ünik uygulama olarak görülen Ayasofya; Osmanlı camilerine fikir bazında da olsa esin kaynağı olmuş, doğu-batı sentezinin bir ürünüdür. Bu eser dünya mimarlık tarihinin günümüze kadar ayakta kalmış en önemli anıtları arasında yer almaktadır. Bu nedenle, Ayasofya, tarihi geçmişinin yanı sıra, mimarisi, mozaikleri ve Türk çağı yapıları ile yüzyıllar boyunca tüm insanlığın ilgisini çekmiştir.
Ayasofya 916 yıl kilise, 481 yıl cami olmuş, 1935'ten bu yana müze olarak tarihi işlevini sürdürmektedir.
Bizans tarihçileri (Theophanes, Nikephoros, Gramerci Leon) ilk Ayasofya'nın İmparator I. Konstantinos (324-337) zamanında yapıldığını ileri sürmüşlerdir. Bazilika planlı, ahşap çatılı bu yapı, bir ayaklanma sonunda yanmıştır. Bu yapıdan hiçbir kalıntı günümüze gelmemiştir.
İmparator II. Theodosius, Ayasofya'yı ikinci defa yaptırmış ve 415'te ibadete açmıştır. Yine bazilika planlı bu yapı 532'de Nika ihtilali sırasında yanmıştır.1936 yılında yapılan kazılarda bununla ilgili bazı kalıntılar ortaya çıkmıştır. Bunlar mabede girişi gösteren basamaklar, sütunlar, başlıklar, çeşitli mimari parçalardır.
İmparator Iustinianus (527-565) ilk iki Ayasofya'dan daha büyük bir kilise yaptırmak istemiş, çağın ünlü mimarlarından Miletos'lu İsidoros ve Tralles'i Anthemios'a günümüze ulaşan Ayasofya'yı yaptırmıştır. Anadolu'nun antik şehir kalıntılarından sütunlar, başlıklar, mermerler ve renkli taşlar Ayasofya'da kullanılmak üzere İstanbul'a getirilmiştir.
Ayasofya'nın yapımına 23 Aralık 532'de başlanmış, 27 Aralık 537'de tamamlanmıştır. Mimari yönden incelendiğinde büyük bir orta mekân, iki yan mekân (nef), absis, iç ve dış nartekslerden meydana gelmiştir. İç mekân, 100 x 70 m. ölçüsünde olup, üzeri dört büyük ayağın taşıdığı 55 m. yüksekliğinde, 30.31 m. çapında kubbe ile örtülmüştür.
Ayasofya'nın mimarisinin yanı sıra mozaikleri de büyük önem taşımaktadır. En eski mozaikler iç narteks ve yan neflerde altın yaldızlı geometrik ve bitkisel motifli olan mozaiklerdir. Figürlü mozaikler IX.-XII. yüzyıllarda yapılmıştır. Bunlar İmparator kapısı üzerinde, absiste, çıkış kapısı üzerinde ve üst kat galeride görülmektedir.
Ayasofya İstanbul'un fethi ile birlikte başlayan Türk döneminde çeşitli onarımlar görmüştür. Mihrap çevresi, Türk çini sanatı ve Türk yazı sanatının en güzel örneklerini içerir. Bunlardan kubbedeki ünlü Türk Hattatı Kazasker Mustafa İzzet Efendi'nin Kuran'dan alınma bir suresi ile 7.50 m. çapındaki yuvarlak levhalar en ilgi çekici olanıdır. Bu levhalarda, Allah, Muhammed, Ömer, Osman, Ali, Hasan, Ebu Bekir, Hüseyin'in isimleri yazılıdır. Mihrabın yan duvarlarında ise Osmanlı padişahlarının yazıp buraya hediye ettiği levhalar vardır.
Sultan II. Selim, Sultan III. Mehmet, Sultan III. Murat ve şehzadelerin türbeleri, Sultan I. Mahmut'un şadırvanı, sıbyan mektebi, imareti, kütüphanesi, Sultan Abdülmecid'in hünkar mahfeli, muvakkithanesi, Ayasofya'daki Türk çağı örnekleri olup türbeler, iç donanımı, çinileri ve mimarisiyle klasik Osmanlı türbe geleneğinin en güzel örneklerini oluşturmaktadır.
Müze her gün 09.30-16.30 saatleri arasında gezilebilir.