Beyazıt’da, Fuat Paşa Caddesi ile Mercan Caddesi’nin kavşağında, İstanbul Üniversitesi Merkez Binası bahçesinin güneydoğu kapısının karşısında yer almaktadır.
Yapı Ağa Mescidi ve Yakup Ağa Cami olarak de tanınmaktadır. Saray Ağası Yakup Ağa’nın 954/1547’de ölümünden önce, Eski Saray’dan kalkan cenazelerin namazlarının kılınması için yaptırdığı mescidin yanması üzerine, Sultan Abdülaziz dönemi sadrazamlarından Âli Paşa (1815-1871) tarafından 1286/1869’da yaptırılmıştır.
Yapının mimarı İtalyan Boriori’dir. Kitabe üzerinde, beyzi bir madalyon içinde Sultan Abdülaziz’in tuğrası yer almaktadır.1912 Mercan Yangını’nda hasar gören yapı, otuz yedi yıl harap durumda kaldıktan sonra 1949-1953 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından, Âli Paşa dönemindeki üslubuna uygun olarak restore edilmiş ve ibadete açılmıştır.
Eklektik üsluptaki bu yapı, altındaki dükkanları, köşesindeki sebili ve sekizgen prizma biçimindeki kitlesi ile dikkat çekicidir. Dıştan sekizgen olan şema, içte yuvarlatılmış ve üstü kubbeyle örtülmüştür. Alttan, dönen bir merdivenle çıkılan kapalı son cemaat yerinden yine aynı türde bir merdivenle mahfile çıkılmaktadır. Bu merdivenin altında da bir kapıyla çokgen gövdeli, kırık piramidal külahlı, gövdesi üzerinde madeni aydınlatma şebekeleri bulunan minareye geçilir. Şerefe, uçlarında sarkıtları bulunan konsollara oturtulmuş olup, korkulukları yine şebekeli madeni levhalardan meydana gelmektedir.
Caninin yapıldığı arazinin konumu nedeniyle, ana eksende olmayan son cemaat yeri Fuat Paşa Caddesi’ne bakan giriş cephesi üzerindeki yarım altıgen planlı ve her kenarında dilimli kemerlere sahip bir pencere ile aydınlatılan bir çıkma bulunmaktadır. Bu çıkma, yapının bu kesimine sivil mimari özelliği katmaktadır. Cami caddelere bakan cephelerindeki pencerelerle aydınlatılmıştır. Bu pencerelerden doğrudan ana mekâna açılan üç tanesi oldukça yüksek tutulmuş olup, yuvarlak kemerlerle donatılmıştır. Kemerlerin üzengi hizalarına üçgen çıkıntılar konulmak suretiyle at nalı kemer havası verilmiştir. Bu pencerelerin üzerinde, içeriden alçı vitraylar, dışarıdan Mühr-i Süleyman biçiminde şebekelerle donatılmış birer yuvarlak tepe penceresi yer almaktadır. Yapının mihrabı çokgen çıkıntısı ile cephede vurgulanmıştır.
Cami, iç süslemesinin bugünkü sadeliğine karşın, dıştan çok hareketli bir görünüme sahiptir. Yapının saçak silmesi klasik oranlardan uzaklaşmış mukarnaslardan oluşmaktadır. Ana kitlede, saçağın üst bölümünde, her cephede dilimli kemer şeklinde biçimlendirilmiş, içi rumîleri hatırlatan stilize bitki motifleri ile dolgulu alınlıklar, cephelerin köşelerinde birer palmet oluşturmakta ve böylece yapıyı bir taç gibi sarmaktadır. Harime açılan yuvarlak kemerli pencerelerin iki yanı, üzengi hizasına kadar bir sıra altıgen kesme taşla hareketlendirilmiş, altıgenlerin birleşme noktalarında oluşan boşluklar kırmızı ve yeşil taş kakmalarla doldurulmuştur.
Dükkanlar ve sebilin yer aldığı zemin kat ile caminin bulunduğu birinci katın arası, küçük konsollardan oluşan bir kuşakla belirtilmiştir. Günümüzde namaza tahsis edilmiş olan ancak gerçek işlevi tam olarak anlaşılamayan zemin katta, basık kemerli pencereler yer almaktadır.