Milli Eğitim Bakanlığı Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından 15.09.1970 tarihinde Yunusemre Müzesi inşaatı başlatılmıştır. Köyişleri ve Kooperatifler Bakanlığı, Toprak İskan Genel Müdürlüğü, Eskişehir Toprak İskan İl Müdürlüğünce, cami, minare, şadırvan ve kültür evinden oluşan çok amaçlı sosyal ve kültürel tesisler inşa edilerek bir Külliye oluşturulmuştur. Kültür Evinin önünde Yunus Emre Heykeli yer almaktadır.
Yapılar kompleksi, üslup itibariyle, Selçuklu Dönemi Mimari özelliklerine benzetilmek istenmiştir. Külliye, Kültür Varlığı olarak koruma altındadır.
Müze, türbenin mimari üslubuna uygun mimaride yapılmış olup, Kültür Bakanı Talat Halman, Eskişehir Valisi Mehmet Saraçoğlu zamanında 19.09.1971 tarihinde ziyarete açılmıştır. Külliye içinde yer alan Müze binası; Kesme taştan tek katlı, giriş revaklı, pencereler kemerli, tek teşhir salonludur, bir idari odası vardır. Teşhirde; Yunus Emre Zaviyesine ait dört adet Berat, iki adet Muhasebe Koçanı, bir adet Muhasebe Defteri, iki adet Muameleli ve Telhisli Arzuhal, bir adet Defter Hane-i Amire Kadı’nın Özü’nün kopyası, birinci ve ikinci mezarlarından nakil sırasında çekilmiş fotoğraflar, Yunus Emre’yi tanıtıcı kitaplar, Yunus Emre’nin dörtlüklerini içeren levhalar, Selçuklu Dönemine ait mermer mimari parçalar ve etnografik malzeme yer almaktadır.
Müze, Kültür ve Turizm Bakanlığı, Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü, Eskişehir Arkeoloji Müzesi Müdürlüğüne bağlıdır.