Külliye avlusunun güneybatısındaki eğimli arazide bulunan Ümmühan Hatun Türbesi'nin inşa tarihlerini veren kitabeleri yoktur.
Ümmühan Hatun Medresesinin güneyinde, yapının iç mekanına büyük boyutlu bir eyvan biçiminde açılan çift katlı Ümmühan Hatun Türbesi yer alır. Türbenin, önce inşa edildiği, medresenin türbeye daha sonra bitiştirilmek suretiyle eklendiği düşünülmektedir. Bu varsayıma ve söylencelere dayanarak türbe, 1205-11 yılları arasına, 1208 yılı öncesine tarihlenebilir. Kuzey güney doğrultusunda kareye yakın dikdörtgen planlı, iki katlı türbenin ikinci katı, medresenin ana eyvanı gibi düzenlenmiştir. Her iki kat da sivri tonoz örtülüdür. Alt katına medrese avlusundan yedi basamaklı bir merdivenle inilmekte, üst katına dokuzar basamaklı iki kollu bir merdivenle çıkılmaktadır. Alt katın ortasında, üzerine sanduka yerleştirilmiş doğu batı doğrultusunda dikdörtgen prizma biçimli bir seki yer alır.
Abidevi kütlesiyle medrese yapısından dışarıya taşan iki katlı türbenin, doğu ve batı cephe eksenlerinde yedişer cepheli, kuzey cephe ekseninde yarım daire kesitli birer payanda bulunmaktadır. Türbenin tüm cepheleri, payanda yüzeyleri dışında kat ayırımını belirleyecek biçimde profilli silmelerle iki yatay bölüme ayrılarak vurgulanmıştır. Duvarlar moloz taş dolgulu düzgün kesme taş kaplamalıdır.