Bursa, Pir Emir semtinde bulunan Musa Baba Camisini Şeyhülislam Abdülkadir Efendi, l584 yılında ölen Musa Baba adına yaptırmıştır. Caminin kitabesi olmadığından ne zaman yapıldığı bilinmemektedir. Musa Baba’nın ölüm tarihi dikkate alındığında XVİ. yüzyılın ikinci yarısının sonlarında yapıldığı anlaşılmaktadır. Belirlenemeyen bir tarihte yıkılan cami l978 yılında Musa Baba Camisi Yaptırma ve Yaşatma Derneğince temel kazısı sırasında çıkan kalıntılara göre yeniden yapılmıştır.
Cami dikdörtgen planlı olup 8.30 x 8.30 m. ölçüsünde dikdörtgen planlı olup önünde 3.05 m. derinliğinde, kemerlerle birbirine bağlı üç bölümlü, dört yığma ayaklı bir son cemaat yeri yapılmıştır. Son cemaat yeri ortada dar, doğu ve batı yanlarında diğerinden daha geniş üç bölüm halindedir.
Cami bir sıra kesme taş, üç sıra tuğla dizisi ile örülmüş bir duvar yapısı vardır. Caminin kuzeybatı yönünde minaresi bulunmaktadır. Kaide sekizgen kaideli olup silindirik gövdelidir.
Caminin güneyinde Musa Baba’nın türbesi bulunmaktadır