İshak Paşa Camisi 1486 tarihli vakfiyesinden öğrenildiğine göre; 1468-1469 yıllarından önce tamamlanmıştır. Bugün caminin kuzey cephesindeki kapı üzerinde bulunan kitabe, Sultan II. Abdülhamit (1876-1909) tarafından 1877’de tamir edildiğini göstermektedir.
İshak Paşa Camisi kuzey-güney doğrultusunda birbirlerine eş kare planlı, üzeri kubbeli iki mekan, bunlardan girişin sağ ve solundaki yine küçük kubbeli iki yan mekandan meydana gelmiştir. Bu plana göre de İshak Paşa Camisi ters T planlı, yan mekanlı veya zaviyeli camiler grubuna girmektedir.
Caminin kuzeyinde doğu-batı doğrultusunda altı payeli, üzerleri kubbeli beş bölümlü bir son cemaat yeri bulunmaktadır. Buradaki payeler birbirlerine ve caminin kuzey duvarına sivri kemerlerle bağlanmışlardır. Son cemaat yerinin güneybatı köşesinde de dışa dört cepheli bir çıkıntı yapan minare yerleştirilmiştir. Son cemaat yerinden ibadet mekanına giriş kubbesinin üzerine altıgen bir aydınlık feneri yerleştirilmiştir.
İbadet mekanının güney duvarında dikdörtgen bir mihrap nişi bulunmaktadır. Mihrap nişinin iki yanına altlı üstlü ikişer pencere açılmıştır. Ayrıca doğu ve batı duvarlarında yine ikişerli altlı ve üstlü pencereler bulunmaktadır. Kubbe kasnağının ekseninde, güney, doğu ve batısında da birer pencere bulunmaktadır. Yan kanatların güney duvarlarında yarım yuvarlak birer niş, üstlerinde de ikişer pencere, yan duvarlarında da yine ikişer altlı ve üstlü ikişer pencere bulunmaktadır.
Caminin iki ana mekanı ve yan kanatlarını örten kubbelerin hepsi sekizgen kasnaklıdır. Ve bu kasnaklara da pencereler açılmıştır. Kubbeye geçişler pandantiflerle sağlanmıştır. Caminin içerisi sıvalıdır. Ancak kubbelerin ortasında bitkisel bezemeler görülmektedir. Kesme taş ve tuğladan yapılan duvarlarında bir sıra kesme taş, iki sıra da tuğla uygulanmıştır. Ayrıca kesme taşlar arasına birer tuğla da dikey olarak yerleştirilmiştir. Bugünkü minare gövdesi yeni olup, yalnızca iki kesme taş ve iki tuğladan oluşturulan kaide ve pabuç kısmı orijinaldir.