Üç Osmanlı Sultanı döneminde yaşayan, Sultan Yıldırım’a, Çelebi Mehmed’e ve II. Murad’a kılıç kuşandıran Emir Sultan’ın eşi Hundi Sultan tarafından yaptırılan Emir Sultan Türbesi, caminin kuzeyindedir. Sekiz köşeli plana sahip olan türbenin üzerini yüksek bir kasnağın taşıdığı orijinal hali depremde yıkılmış olup 1868’de batı sanatından esinlenerek Barok stilinde tekrar inşa edilmiştir. Dolayısıyla bugünkü yapının mimari ve estetik açıdan orijinali ile hiçbir alakası olmadığı gibi türbenin geçmişteki ihtişamı da zarar görmüştür. Özgünlüğünü kaybetmiş olmasına karşın soŞlikte velilik rütbesini kazanan Emir Sultan hazretlerinin türbesinin Müslüman dünyasında beşinci makam olduğunu ileri sürenler de vardır. Peygamber soyundan geldiği için “Emir”, gönülleri fethettiği için “Sultan” ünvanını alan Emir Sultan’ın sandukası türbenin ortasında pirinç parmaklıklar arasında yer almaktadır.
Türbede oğlu Emir Ali, eşi Hundi Hatun ve iki kızı yatmaktadır. Emirsultan Caddesi’nin kuzeyinde mezarlık duvarına dayalı 4 metre yüksekliğindeki Beşir Ağa Çeflmesi 1744 yılında yapılmış olup, kentin en görkemli çeşmelerinden biridir. Caminin batısındaki avlu duvarında bulunan Kurtbasan Çeşmesi 1851 tarihlidir. Emir Sultan Camii’nin güneyinde bulunan çeşme, Darüs’saade Katibi tarafından 1743 yılında yaptırılmıştır. Emir Sultan Camii’nin güney duvarına bitişik, yuvarlak bahçe girişinin solundaki çeşme 1743 yılında Darüs’saade Ağası tarafından yaptırılmıştır. Diğer çeşme ise Emir Sultan Külliyesi’ne giderken mezarlığın başında, Memiş sokağının girişinde olup 1821 tarihinde yapılmıştır.