Kent merkezinde yer alır.1925 yılında Sultan II. Bayezit Külliyesi'ne ait medrese binasının iki odasında toplanan az sayıda arkeolojik eser ile İslami devir mumyaları bir araya getirilerek bir "Müze Deposu" oluşturulmuştur. Daha sonra eserlerin çoğalması ve yeni sergileme mekânlarına ihtiyaç duyulması neticesinde müze, 1961 yılında Selçuklu döneminin anıtsal eserlerinden olan Gökmedrese Camii'ne, 22 Mart 1977 yılında ise yeni yapılan bugünkü modern binasına taşınmış, yeniden düzenlenerek tüm eserler kronolojik sıraya göre hizmete açılmıştır.
Üç katlı olan müzenin bodrum katında deposu, laboratuarı ve diğer hizmet birimleri, alt katında bir sergileme salonu, üst katta ise arkeolojik ve etnografik eserlerin sergilendiği iki büyük salon yer almaktadır. Özellikle, taş eserler ile Sultan I. Mesut Türbesi içinde bulunan İlhanlı dönemine ait 6 adet mumya ilgi çekmektedir.