Amaseia’nın tam olarak nerede ve kimler tarafından kurulduğu hakkında kesin bir bulguya rastlanılmamakla birlikte, yapılan Arkeolojik araştırmalara göre; Amesia’nın tarihinin M.Ö.5500’lere kadar uzandığı anlaşılmaktadır.
Amaseia’dan günümüze ulaşan tek bölge Yeşilırmak’ın kuzeyindeki dağın eteklerinde bulunan Akrapolis ve büyük bir kısmı daha sonradan bir çok kez onarılan surlardır.
Strabon’a göre, şehri ilk kuranlar Amazonlar’dır. Amazon kraliçesi Amasis, Karadeniz kıyılarından aşağı inmiş, Amasya’nın bulunduğu yeri beğenerek bir şehir kurmuş, adına da “Amasis şehri” demek olan “Amaseia” demişlerdir.
M.Ö. 2000 ’lerde Merkezi Çorum yakınlarında bulunan Hattuşaş olmak üzere Hitit Krallığının temeli atılırken Ameseia, Hitit Müttefik devletlerinden Amasit Hükümetinin merkezi olarak Çorum, Yozgat, Tokat, Sivas, Canik ve çevresinden oluşan önemli siyasi bir güç odağı olmuştur. Yapılan araştırmalara göre Hitit hükümdarı "Mitur Han" zamanında Ameseia Kalesi mesken tutulmuş Mokay Han, Turnal Han, Amas Han’ın hükümdarlarından sonra Karsan Han zamanında Amasya Kalesi, inşa edilmiştir. Bu bakımdan kalenin bulunduğu dağ "Harşene Dağı" , Amasya Kalesine de “Harşene Kalesi” denmiştir.
Ameseia, sırasıyla Friglerin, Kimmerlerin, Lidyalıların (MÖ.650-585) daha sonra da Perslerin egemenliği altına girmiştir. Pers Devlet Örgütünde, kazanılan topraklar satraplıklara (iller) ayrıldığından Amasya başlarında askeri ve sivil yetki kullanan Satrap(Vali) bulunan ve halkının büyük kısmı Hitit ve Hunlardan oluşan 19. Satraplığın merkezi olmuştur. Pontus memleketi de denilen bu satraplığın sınırları Samsun, Gümüşhane, Trabzon, Çorum, Yozgat, Tokat, Sivas, Erzincan, Erzurum ve Muş’tan ibarettir.
M.Ö. 334 yılında Büyük İskender ordularının Çanakkale Boğazından Anadolu’ya geçmeleri üzerine Persleri yenilgiye uğratan Makedon Krallığı Anadolu topraklarına hakim olmuştur. Ancak bazı karışıklıklar arasında Türk soyundan gelen "Mitur Han" isyan ederek Pontuslardan II. Mitridatı yenmiş ve Amasya’da Valiliğini ilan etmiştir. Büyük İskender’in ölümü (MÖ.323) üzerine, ülkesi onun generallerinin ihtirasları yüzünden iç kavgalara sahne olmuş ve M.Ö. 302’de aralarında pay edilmiştir. Bu durumda Amasya ve çevresi Mezopotamya, Suriye ve Orta Anadolu’nun hakimi Seleukosların idaresine geçmiştir. Generaller arasında geçen savaşlardan istifade ederek Pontus Kralı III. Mitridat Amasya’yı M.Ö. 291 yılında ülkesine katmıştır.
Mitridat ile Romalılar arasında birkaç kez el değiştiren Amasya, M.Ö.47 de Sezar’ın Mısır krallığını Kleopatra’ya vermesi ve Anadolu’ya hakim olması üzerine, Roma egemenliği altına girmiştir.